برخی از مشکلاتی که در یک سیستم دستی و گردش کاغذی سازمان می توان به آن اشاره کرد، به شرح زیر است:
1- نگهداری و انجام سیستم دستی نیازمند نیروی انسانی زیادی است و کنترل دقت و سرعت و نظارت بر نیروی انسانی زیاد مستلزم سیستمی دیگر و نیروی انسانی دیگر است.
2- مراحل مختلف ورود نامه، ثبت، ارجاع و جابه جایی نامه ها بین واحدهای مختلف تا رسیدن به دست کارشناس ذی ربط و برعکس، تهیه پیش نویس پاسخ نامه توسط کارشناسان، حروف چینی، انجام اصلاحات توسط مدیران در هر مرحله و در نهایت امضا، ثبت و خروج نامه، مراحلی زمان بر و مستلزم ثبت چندباره یک نامه در قسمت های مختلف و در نتیجه بکارگیری نیروی انسانی زیاد برای حفظ کارآیی آن است.
3- امکان مفقود شدن عمدی و سهوی اسناد، نامه ها و پرونده ها وجود دارد؛ به ویژه در زمان جابه جایی های سازمانی و زمان تغییرات ساختاری یا تغییر محل یک واحد یا سازمان از مکانی به مکان دیگر.
4- استهلاک اسناد بر اثر مرور زمان و شرایط محیطی و جوی.
5- احتمال از بین رفتن اسناد در حوادث غیرمترقبه از قبیل آتش سوزی، زلزله و …. اختصاص فضای زیادی برای نگهداری لاشه فیزیکی مکاتبات و پرونده ها.
6- طولانی شدن فرآیند جست و جوی نامه در خیل عظیمی از بایگانی ها (وقت و نیروی انسانی).
7- هزینه زیاد خرید کاغذ، انواع دستگاه تکثیر و نگهداری آنها.
8- هزینه نیروی انسانی برای نگهداری و دسترسی به اسناد و مدارک موجود.
9- امکان جعل و سوء استفاده از مکاتبات اداری و احتمال اندک کشف آنها (این امر موجب تحمیل هزینه زیادی به نظام اداری کشور شده است تا در موارد ضروری با انجام اقدام های تکمیلی نسبت به اصالت نامه اطمینان حاصل شود).
10- عدم امکان برنامه ریزی بر مبنای حجم و میزان فعالیت و مکاتبات هر بخش به علت عدم وجود امار قابل اتکا.
11- عدم امکان گزارش گیری از فعالیت های زیر مجموعه به صورت سیستمی و نیز عدم امکان کنترل صحت آمار و گزارش های واحدهای مختلف در مورد انجام فعالیت ها.
